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在软件的工程开发的初级阶段，企业的管理者就应向其内部工作人员告知商业秘密的存在，做好保守秘密的思想教育工作，及早树立起保密的意识。
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由于权利人对计算机软件商业秘密的认识不到位、界定不到位、保护措施不到位、诉讼证据不到位等原因，导致诉讼的多，胜诉的少的被动局面。
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软件变更管理主要涉及到软件更改的申请、软件更改的批准、软件更改、软件问题归零、软件更改验证及评审等环节。针对软件变更管理中的薄弱环节，以下内容将说明软件配置变更管理中很容易忽视的几个问题，并给出提高软件质量的建议。
（1）软件变更缺少相应级别的评审
实施软件变更的人员在进行完软件的变更之后，由于缺乏对软件更改部分的验证工作，容易导致软件实际更改内容与预期更改内容不一致，甚至由于软件更改描述内容过于简单，导致软件测试人员认为软件只是更改了参数文件等相关内容，而实际上却更改了其他文件，从而造成了软件中可能隐藏的缺陷没有能够暴露。因此，软件变更之要后要进行相应级别的评审，而不能走形式主义。
（2）软件变更管理需要模块化思想
从事软件测试的人员一定会发现，上一版本软件测试提交的问题报告单，在下一版本软件中仍然没有归零，于是软件测试人员纷纷抱怨软件的质量跟踪不到位、软件质量人员没有尽到应有的.责任。可各种软件规章制度实在太多，也不可能把质量人员的质量职责细化得太精确。因此，软件变更管理需要进行模块化管理，将软件变更管理内容按照一定类型分解为不同的模块，让软件变更流程上相关人员按照模块化的思想进行软件变更流程处理，以更好的保证软件质量，从而很好的控制了一些客观因素对软件变更过程质量的影响。
（3）软件变更管理应具有可追溯性
在国有企事业单位软件研制的过程中，软件往往需要变更多次之后才能形成最终交付用户的产品，可软件研制除了注重结果之外，也应该注意过程。因为中间过渡版本软件是企业的积累，它可以让软件研制人员总结研制过程中的经验、让新进人员吸取研制过程中的精华知识。因此，对软件的变更管理要有可追溯性。
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企业应与掌握、接触商业秘密的关键人员如工程技术人员和管理人员签订保密协议和竞业禁止协议。明确这些人员的保密义务和泄密责任；对调离或退休的知悉该秘密的人员，提醒他们履行保密义务及泄密的法律责任。
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从软件工程发展趋势来看，要更好的提高软件配置管理的质量，在理论上，可以让企业的软件配置管理流程融合GJB5000A软件能力成熟度模型与GJB9001B质量管理体系；在实践上，可以使用IBMRationalClearCase、CCC/HARVEST等版本管理工具，IBMRationalClearQuest等变更管理工具来提高软件配置管理水平。
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由于软件本身具有的脆弱性、易复制性、载体亦发生变化等特点，使得其证据保全与其他的保全有所不同。最好借助有经验且熟悉计算机软件的公证人员帮助，以提高证据的效力。
